为什么你的实验总是卡在扩增这一步？
上一个月期间, 我于北京的一家从事生物技术的公司之处见到了身为老朋友的张伟。他乃是实验室的负责人, 其手下带领着七八个人, 每日忙碌得连脚都无法沾到地面。我们坐在公司楼下的咖啡厅以内, 他一边喝着美式咖啡一边发出叹气之声: “最近项目的进度太过紧张了, 客户催促得十分急切, 然而PCR扩增这一步骤却把我们给困住了。常规的试剂盒, 一次运行下来需要两个多小时, 一天能够进行几轮呢? 样本数量增多后根本无法依次安排过来了。”。
身为张伟的困境, 我听闻的次数实在太太太多了。众多同行都遭遇了相同的棘手困难。其一, 扩增效率低；其二, 设备利用率不怎么样；其三, 实验结果出来得特别特别慢；其四, 项目交付老是掉队赶不上拟定的节奏要点。张伟传递给我这样的情况, 曾有一次, 当为了赶制一个紧急订单时, 他们的团队接连加了三天的班, 然而在最终成果里, 扩增所展现出来的条带, 却并不怎么理想, 差一点就遭到了客户的投诉呢。
快速PCR扩增试剂盒真的能提速吗？
张伟最初的时候也是不相信的, 他开展了长达十年的实验工作, 使用过几十种不同的试剂盒, 一直都感觉“快”与“准”这两者是很难同时兼顾到的, 直至去年的年末时分, 他参与了一场行业展会, 在展台上见到有一个品牌推出了快速PCR扩增试剂盒, 其宣传声称能够把常规的扩增时间缩短超过一半以上, 他当时便留了个心思, 记录下了联系方式。
展会结束之后, 张伟指挥着采购部门从中取回来几盒样品用以开展测试工作。这时候, 他挑选出一个在平常一贯最为耗费时间的目标基因片段, 依照常规的程序进行了一回操作, 随后又更换使用快速试剂盒重新走了一趟, 其余的条件一律始终保持相同。最终获得的结果使得他十分倍感意外, 普通常规的试剂盒花费了差不多将近两个半小时的时长, 然而快速试剂盒仅仅只用了不超过一个小时的时间, 并且条带清晰可见、特异性方面也全然完全不存在任何问题。
第一次使用效果如何？
张伟讲, 头一回使用之际, 他内心实际上没什么把握。他依照说明书严格操作, 对退火以及延伸时间都予以了调整, 而后放进了PCR仪。以往他惯常设置好程序便去忙别的事情。鉴于时间太久, 回来恰好收样。然而此次他刚到茶水间接了一杯水, 仪器就提示运行完毕了。他愣了一下, 还以为设置有误, 赶忙过去检查。
显示的结果是, 目的片段扩增呈现出十分良好的状况, 并不存在非特异性条带, 同时也不存在引物二聚体。他在当场即刻呼喊组员前来观看，大家同样觉得此情况难以思议。自那一天起, 他们的团队正式将快速试剂盒纳入了常用耗材清单当中。
快速试剂盒会不会影响灵敏度？
张伟最初担忧的另外一个问题是灵敏度, 部分快检产品为赶时间, 会牺牲检测下限, 样本浓度低时便扩不出来, 他特地做了梯度稀释实验, 将模板浓度从高到低依次进行稀释, 分别使用常规试剂盒和快速试剂盒同时进行操作。
结果呈现之后, 他将两条凝胶图放置到一块儿进行对照比较, 发觉快速试剂盒于低浓度模板状况下依旧能够实现稳定扩增, 条带的亮度甚至相较于常规试剂盒而言还要稍好一点儿。至此他才完全释下心怀。他对我说, 身为科研出身的人, 最为顾忌的便是为了效率而舍弃数据质量, 然而该快速试剂盒并未令他作出妥协。
团队里其他人适应起来快吗？
有个起初在张伟团队里刚入职半年的小伙子, 平常做实验会比较谨慎些, 还不太乐意去换新的方法, 随后张伟把首次测试的结果发送到工作群当中, 并且还附上了时间方面对比的图形, 那小伙子看过之后主动表示想要去尝试一番, 于是张伟就让他要负责某此个批次的样本处理。
一个小伙子, 使用快速试剂盒进行了一番操作, 经历一轮之后, 察觉到在操作步骤方面和原先相差无几, 仅仅是程序所花费的时间缩短了一点。当天下午时分, 他就把结果提交上来了, 而且比平常提前了两个小时。随后, 他告知张伟说: “伟哥, 往后咱们就使用这个, 节省下来的时间还能够多去做几组重复。”张伟露出笑容说, 在团队当中, 最快接纳新方法的, 常常是年轻人。
快速PCR扩增试剂盒适合哪些场景？
张伟先进行了一番总结, 快速试剂盒最为适配三种如下情况, 其一为项目工期极为紧张, 客户要求能够尽早去交付结果, 其二是样本数量众多, 需要于有限时间之内完成多轮扩增，其三是开展突变筛选或者基因分型, 需要迅速地得出数据用以做出下一步决策。
他列举了一个实例。于今年三月份的时候, 他们承接了一个源自南方某高校的合作项目, 对方要求在一周的时间内达成两百多个样本的检测工作。按照以往的节奏来看, 仅仅扩增这一项就得占据四五天的时间, 致使后面的分析时间完全不够用。在换用快速试剂盒之后, 扩增仅仅花费了两天半的时间, 剩余的时间全部都留给了数据分析环节, 最终提前一天提交了报告。合作方对此非常满意, 在后续又额外追加了订单。
快速试剂盒的稳定性怎么样？
张伟特意做了整整一组具有重复性的测试, 他挑选了同一个模板, 借助快速试剂盒依次连续跑了十回, 每一次都记录下Ct值以及扩增曲线, 结果所获得的十次数据极其一致, Ct值来回波动的范围处于0.3之内, 扩增曲线更是几乎相互完全重合, 张伟表示, 这样的稳定性远远比他早前所期望达到的要好, 甚至直接超越了一些进口品牌的常规产品。
曾几何时, 他尝试过别的品牌的快速试剂盒, 时不时地会出现某一回扩增失败或者曲线呈现异常的状况, 这就需要重新去操作。然而, 此次在使用的长达数个月的时间里, 并未出现相似的问题。他将测试所得到的数据整理成为了表格, 发送给了采购部门, 进而建议进行长期的供货。
快速试剂盒的成本会更高吗？
张伟起初也担忧成本方面的问题, 他进行了一番计算, 快速试剂盒单次的价格相较于常规试剂盒的确贵了大概两成, 然而由于其速度较快, 使得设备的周转率得以提升, 同样的一台PCR仪, 以往一天仅仅可以运行三轮, 如今能够运行五至六轮, 经过计算, 单位样本的固定成本反倒下降了。
他说了, 鉴于出结果的速度快, 做实验的人员不必在实验室里等上过长时间了, 加班的次数也是有所减少的状态。往昔时期为了追赶进度, 组员常常到晚上八九点还候着结果, 现在整体而言在下午五点半之前就能够结束工作了。团队里的那种幸福感是提升了好多的, 人员的流失率同样呈现出下降的趋势了。
未来实验室的扩增方案该怎么选？
张伟当下所采取的做法是, 将快速试剂盒用作主力产品, 对于常规试剂盒仅留存少量以作备用。倘若遇到特别敏感的检测情形或者是需要超低浓度模板才能开展的实验, 他会先运用快速试剂盒进行一次操作, 要是得出的结果不尽如人意, 随后再更换为常规的方案举措。然而从实际使用产生的状况来看, 其中快速试剂盒已然覆盖了超过九成以上的应用场景范围。
他对我讲, 做实验这个事儿, 效率跟质量向来并非是对立的。倘若选对了工具, 那两者完全能够兼顾。他所拥有的经验是, 别把自己被惯性思维束缚住, 在该去尝试之际就得大胆地尝试。毕竟, 每日节省下来的那一个多小时, 日积月累而来的便是大把的研发时间。
