我那个做基因检测的朋友，差点被试剂盒坑死

上个月, 我有个做基因检测的朋友老张, 他差点因一个不起眼的PCR扩增试剂盒, 把整个项目搞砸。老张在苏州的一家生物科技公司工作五年, 负责肿瘤标志物筛查的研发工作。他一直自认为眼光敏锐, 选试剂从未出过差错, 可这次却摔了个大跟头。我写这篇文章, 就是想借助他的经历, 给正在挑选PCR扩增试剂盒的你, 提个醒。读完它, 你能节省至少两个月的试错时间, 还有大量的金钱。

他一开始是怎么选PCR扩增试剂盒的

老张这人做事相当细致, 今年三月份的时候, 公司打算上新一条检测线, 这条检测线专门应对肺癌相关的基因突变筛查, 他拿到需求之后, 首要之事便是翻阅供应商名录, 去寻觅PCR扩增试剂盒, 他那时心里想着, 大品牌必定可靠, 直接就将目光锁定在了业内的两家头部企业上, 他还跟我讲: “小厂生产的东西, 实在不敢轻信, 要是扩增效率达不到要求, 那后续的实验可就全都白费了。”。

整整一周的时间里, 他对五六款试剂盒的参数进行了对比, 这些参数包括, 扩增灵敏度、特异性以及热启动酶的稳定性, 这一番查看之下, 令他看得眼花缭乱。最终, 他选择了那款单价最高的进口试剂盒, 他认为贵自然是有贵的缘由之处的, 如此便能够一步到位, 省心不少。

实验失败后的焦虑和迷茫

究竟结果如何呢? 四月上旬的时候, 第一批样品放置到机器上进行操作。老张内心充满了期待, 然而跑出来的扩增曲线呈现出七扭八歪的状况。有好几个样本的Ct值直接飘移到了40以上, 完全没有办法进行判读。当时他的脑子瞬间就如同嗡嗡作响一般, 觉得很可能是操作方面存在问题, 就连夜带领着两个技术员再次去提取核酸、进行复测。一直折腾到凌晨三点, 最终结果却还是保持原样。

第二天, 他带着黑眼圈来找我一起喝酒, 而后叹着气讲: “我心存疑惑, 是不是这一批试剂盒出现过敏状况了, 又或者是我们手头的这批样本质量欠佳。”他反复不断地查阅文献, 还细致调整设备的参数, 就连PCR仪都从头到尾校准了一回, 可依旧寻觅不到根源所在。那段日子里, 他整个人焦虑到了极点, 公司方面的领导催促着项目进度, 项目就这样停滞了足足十天时间, 每一天都在消耗资金。

转机来自一次偶然的交流

五月初的时候, 事情出现了转机, 老张前往上海参加一个行业交流会, 在交流会的茶歇之时, 老张碰到了一位同行, 这位同行在杭州从事第三方检测的相关工作, 两人针对试剂耗材的问题展开了对话, 老张将自己心中的烦恼倾诉了出来, 那位同行听后猛地一拍大腿说道, 你是不是陷入到高价迷信这个陷阱当中了, 我们的实验室在以前也走过类似的弯路, 之后换用了国产品牌的一款PCR扩增试剂盒, 这款试剂盒性价比直接全部拉满, 不仅在DNA扩增效率方面一点也不差劲, 而且价格还节省了一半。

老张处于一种半信半疑的状态, 然而他还是将那个品牌名给记了下来。在回来之后, 他秉持着把死马当作活马医的那种心态, 去订了一小批样品。最终当把样品上机运行之后, 所呈现出来的扩增曲线平滑得如同教科书一般, Ct值处于稳定在28到30这个范围之间, 而且重复性表现得格外良好。他当场就用力拍了桌子, 大声说道: “我信了！”。

他重新评估了PCR扩增试剂盒的选型标准

经此一番折腾后, 老张如今挑选PCR扩增试剂盒, 有了自身的一套严格准则。其一, 先查看酶活性的稳定性情况, 切莫仅关注标称的扩增速度, 务必开展梯度稀释的验证实验, 以此来观察线性范围。其二, 对比热启动酶的修饰方式, 部分试剂盒采用化学修饰, 激活温度较高, 适宜复杂模板；部分则是抗体修饰, 升温速度较快, 适合常规样本。其三, 便是查验批次间的稳定性, 要求供应商提供至少三个批次的质控报告。

他特别着重指出, 不要盲目迷信进口。现今有不少国产品牌的核心原料已然实现自主生产, 像苏州本地就存在几家制造聚合酶的老牌企业, 其技术路线极为成熟。他所使用的那款试剂盒乃是国内一家公司出品的, 其中热启动酶采用的是新型抗体法, 在55度退火时便可激活, 省去了95度预变性的步骤, 整个过程加快了许多。

从困境到收获的实战心得

六月中旬时, 老张的项目再度步入正轨, 他们运用新选取的PCR扩增试剂盒, 接连测了500例临床样本。这些样本的灵敏度以及特异性都达到了98%以上, 公司领导在例会上特意表扬了他, 称此次选型十分成功, 成本下降了四成。老张现今逢人便讲: “选试剂盒, 并非选品牌。而是选匹配度, 你的样本类型、你的仪器型号、你的预算范围, 这三者必须相互契合。”。

她向我展示了其所制作的对比表格展示, 最初的那款进口试剂盒, 单次反应成本为4.8元, 然而他当前所使用的这款国产试剂盒, 单次成本仅仅只要2.1元, 并且其扩增效率还提高了10%, 数据陈列于彼处, 不得不服。

为什么性价比在PCR扩增试剂盒里这么重要

也许你会认为, 差那几块钱能造成什么影响呢? 我来给你算一算。有一个中小型的实验室, 一天要进行500个反应, 一个月按照22个工作日来计算, 那就是11000个反应。每个反应如果能省下2.7元, 一个月就能省下29700元, 一年下来就是35万多元。这笔钱足可以给团队再多招聘一名研发人员,或者去换一台高端的核酸提取仪了。所以, 选择性价比高的PCR扩增试剂盒, 并非是抠门, 而是精打细算中的生存智慧。

最后给你三条选型建议

别仅仅盯着价格标签去判断。价格高的不一定就出色, 价格低的不见得就省钱, 重点在于查看它的数据呈现情况。其次, 务必开展横向对比试验。选取你的真实样本, 同时运行三到四款试剂盒, 观察Ct值、熔解曲线、扩增效率的差别, 依靠数据来说明问题。再者, 寻觅售后技术强大的供应商。有些公司售出试剂盒后就不再过问, 碰到问题连技术支持都寻觅不到。老张当前合作的这家公司, 工程师能够在线帮她剖析扩增曲线, 甚至远程调动PCR仪的升降温速度, 这样才是可靠的。

他说, 老张花了两个月, 走了弯路, 好在最后找到了方向, 现在成了公司内部咨询评估关于PCR扩增试剂盒选型评审的顾问, 专门帮其他项目组。他最后对我说了一句话, 糙理会不糙: “选试剂, 不像找对象, 不能光看着脸, 得看合不合拍。”。