先说结论,这篇东西能帮你省大钱,也能省大把调试的时间。
许多才踏入行业的实验工作人员, 或者承担采购职责的男性朋友, 最为惧怕的是试剂的批次处于不稳定的情形。
今天所讲述的故事, 其主角乃是我的朋友老张, 他身处一家从事生物科技的公司, 负责开展研发支持方面的工作。
老张这人是出了名的较真,对数据纯度有着近乎变态的追求。
上周三下午,大概在四点多的样子,他正对着电脑屏幕发呆。
因为一批关键样本的后续测序结果全乱了,R值低得吓人。
实验室当中, 气氛压抑得仿若即将降雨那般, 组长于旁边来来回回地踱步, 眉头紧紧地锁着, 锁得严严实实的。
老张心里清楚,问题大概率出在上游的纯化环节。
早前的流程始终采用旧方式, 虽说可以使用, 然而近来样品数量急剧增多, 效率变成了阻碍发展的关键限制因素。
他翻遍了之前的实验记录本,试图找出那个导致污染的微小变量。
是乙醇洗涤没洗干净?还是洗脱buffer的pH值偏了?
那一个小时都在排查, 老张察觉到全部的操作都是契合SOP的, 不存在任何人为导致的失误。
这时候,他意识到,工具本身可能已经跟不上现在的业务需求了。
在处理高GC含量样本时, 传统的磁珠法容易残留抑制剂, 在处理复杂背景样本时, 传统的柱式纯化也容易残留抑制剂, 确实如此。
这些抑制剂宛如潜藏的棘手杀器, 于PCR阶段时隐匿身形毫无显迹, 一旦抵达下游的应用环节便彻底暴露本来面目。
老张决定换一种思路,不再死磕操作流程,而是升级装备。
他与一家有着不错口碑的供应商取得了联系, 着重对他们所提供的PCR纯化试剂盒展开考察。
对方给他的样品里,主打的是针对复杂模板优化的配方。
老张半信半疑,但还是安排了一组平行实验来测试。
这次实验是在周五早上进行的,为了赶在下周汇报前拿到结果。
他选取了之前失败的那几批样本,分别用新旧两种纯化方案处理。
一边是原来的老路子,另一边是新的PCR纯化试剂盒流程。
等待离心的那两个小时里,老张点了一杯美式咖啡提提神。
他看着离心机嗡嗡作响,心里其实也没底,毕竟换试剂风险不小。
万一新试剂兼容性问题更严重,那整个项目就要延期。
周五傍晚六点,结果出来了。
老张拿着分光光度计的数据单,手稍微有点抖。
新组建的, 其OD260与280比值, 稳定处于1.8至1.9这个范围之间, 特别美观。
更具关键性的事情是, 对于抑制物残留的检测, 乎接近为零, 再者, 后续的PCR扩增所呈现的曲线, 十分完美。
那一刻,老张长舒一口气,感觉肩上的石头终于落地了。
他立刻把这份数据整理成报告,发给了组长和项目组所有人。
周一的例会上,老张没有过多炫耀,只是客观陈述了数据对比。
组长看完数据后,当场拍板,全面切换这套新的纯化方案。
从那以后,实验室的返工率直线下降,项目进度也追了回来。
老张后来跟我吐槽,说以前总觉得便宜的试剂能省钱。
直至此刻方才明白, 那隐藏着的成本才是占据主要部分的,一次实验遭遇失败所产生的时间方面的损失, 远远超过了试剂之间价格的差值。
这也让我想到,很多同行在选型时,往往只看单价。
却忽视了, 不同的PCR纯化试剂盒, 在特异性方面, 有着巨大差异, 在回收率方面, 也存在巨大差异, 在耐受性方面, 同样有着巨大差异。
特别是面对那些难搞的样本,比如血液、组织或者环境样本。
寻常普通的纯化试剂是根本无法稳稳把控住局面的, 一定要采用拥有特殊优化配置方案的产品才行。
老张这次的成功,不仅仅是换个盒子那么简单。
而是他对整个工作流程的一次深度复盘和优化。
他耗费两日光阴, 钻研各异品牌的说明书, 对照磁珠粒径与缓冲液成分。
这种钻研精神,才是他能在关键时刻救场的根本原因。
对于我们做实验的人来说,选对工具,真的比努力更重要。
特别是像PCR纯化试剂盒这样的消耗品, 每天都需要使用, 而其质量出现波动的情况, 会直接对心情产生影响。
如果你也在为实验重复性差而头疼,不妨从源头查起。
看看是不是你的纯化步骤里,藏着那个看不见的bug。
老张的经验告诉我们,不要迷信旧经验,要多做平行对照。
哪怕只是一点点改进,积累起来就是质的飞跃。
如今的市场之中可供选择的情形非常多, 然而切实契合你当前需求的那些, 唯有经过尝试之后才能够知晓。
希望老张的这个案例,能给正在纠结选型的你一点启发。
毕竟,谁也不想在大半夜的实验室里,对着失败的曲线怀疑人生。
选对PCR纯化试剂盒,让实验数据自己说话,这才是硬道理。






