聚合酶链反应(PCR)产物是指通过特定的引物和酶在模板DNA上进行扩增的DNA片段。这种产物是特定的DNA序列的拷贝，通常由一对引物指导DNA聚合酶沿模板DNA合成。具有广泛的生物学应用价值，且其纯化和分析需要考虑多种因素以确保实验的准确性和可靠性。
PCR产物琼脂糖凝胶与聚丙烯酰胺凝胶电泳检测方法：
一、琼脂糖凝胶电泳
这是实验室zui 常用的方法，简便易行，只需少量DNA即可进行实验。其原理是不同大小的DNA分子通过琼脂糖凝胶时，由于泳动速度不同而被分离，经溴化乙锭（EB）染色，在紫外光照射下DNA分子发出荧光而判定其分子的大小。
用于电泳检测PCR产物的琼脂糖浓度常为1%—2%，应该使用纯度高的电泳纯级琼脂糖，这种琼脂糖已除去了荧光抑制剂及核酸酶等杂质。
（1）制胶
琼脂糖凝胶厚度约为3~5mm。过薄则加样孔样品会溢出来，过厚观察时荧光穿透不强以至有些小片段DNA带型不易分辨。如配制2%凝胶100ml，称取琼脂糖2g于三角瓶中，加入100ml 0.5×TBE液，微波炉加热2-5min，使琼脂糖wan 全溶解（注意不要暴沸），置室温等温度下降至60℃时，加入终浓度0.5μg/ml的EB液，充分混匀后倒板（注意排除气体）。
（2）加样和电泳
上样时一般取PCR反应液5~10μl，加入3μl溴酚兰液，充分混匀，加入凝胶加样孔中。电泳仪可用一般稳压可调中压电泳仪，电泳工作液为0.5×TBE液，接通电源，使样品由负极向正极移动。60-100V恒压电泳约30-60分钟。
（3）检测
将凝胶板放在紫外透射仪的石英玻璃台上进行检测，DNA产物与荧光染料EB形成橙黄色荧光复合物。观察各泳道是否有橙黄色荧光带出现，并与扩增时所设的阳性对照比较，判断阳性或阴性结果。也可在电泳时以标准分子量作对照，判断其扩增片段是否与设计的大小相一致。
PCR扩增后一般进行琼脂糖凝胶电泳分析，电泳后一般有以下几种条带：
1、引物带。引物浓度过高或是扩增效率不是特别高时都会有，一般不呈现为细带，为发散状；如果目的扩增产物带和引物带都很亮，可以考虑适当降低引物量。
2、引物二聚体带。比引物跑得慢一点，条带清晰，但如果扩增产物小于100bp时，产物与引物二聚体就不好分别了，建议采用DNA聚丙烯酰胺电泳（不是蛋白质的SDS聚丙烯酰胺电泳）；如果引物二聚体在优化复性温度后仍然严重影响目的产物的扩增，优先考虑更换引物设计（因为引物合成的成本比反复优化条件的成本低）
3、目的扩增产物带。其大小与设计大小相同，条带清晰。
4、非特异扩增产物带。其大小与设计大小不相同，条带清晰。一般考虑通过提高复性温度来减少或消除（也可用温度梯度功能来寻找zui佳的复性温度，东胜龙811型PCR仪就有此功能）。如果其片段大小比目的片段大较多，可以通过减少延伸时间来减少或消除（即不给它足够的延伸时间）。还有一种非特异扩增产物带是来自于逆转录PCR实验时的基因组DNA的污染，如果目的扩增产物中有内含子，扩增产物很可能大于目的基因。这种条带通过优化复性温度是不能消除的，可以在逆转录前用无RNA酶的DNA酶进行样本处理。
5、模板DNA带。模板浓度过高时可能出现。如果是基因组DNA为模板，条带可能会很乱且较大。一般进行PCR扩增时，模板浓度都不要太大，否则会产生一些比目的基因长一点的杂质DNA（可能不成条带，也看不到），这是由PCR扩增原理造成的。
二、聚丙烯酰胺凝胶电泳
聚丙烯酰胺凝胶电泳比琼脂糖凝胶电泳繁琐，但在引物纯化、PCR扩增指纹图、多重PCR扩增、PCR扩增产物的酶切限制性长度多态性分析时常用到。
聚丙烯酰胺凝胶电泳分辨DNA片段的有效范围：
(1)制胶
在两块制胶玻璃板中间放上垫片，放上制胶架，拧紧制胶螺丝夹紧玻璃板。
制备适量合适浓度的凝胶，使之略多于胶板。
不同浓度（%）聚丙酰胺凝胶的制法：
在加入TEMED和10%过硫酸铵后，立即混匀，倒入放置45℃角的玻璃板内，wan 全注满（注意不要有气泡），迅速将玻璃板放置水平位置。立即放成型梳子于腔顶并夹紧，待30-60分钟胶聚合后，取下胶板，放入电泳槽中固定。
（2）加样和电泳
上下槽中加入1×TBE电泳缓冲液，溢过加样孔，拔出梳子，排出加样孔中的气泡，将PCR产物或限制性内切酶消化产物2与1上样缓冲液混匀，用微量注射器加入加样孔底部，使样品在孔底成一层，两侧孔中加入标准分子量的DNA Marker。
以2-10V/cm电压电泳，电泳时间足够长，使片断足以分开，待指示剂走到适宜位置时关闭电源，将胶片取出。
（3）银染
分开两块玻璃板，将凝胶片放入100ml银染固定液中振荡15min，双蒸水洗3次，每次2min，然后将凝胶片转入100ml 0.2%的AgNO3中于摇床上染色约10min，吸去AgNO3液，用双蒸水洗3次，每次30s，加入100ml显色液约7-10min，待DNA带显示清除时，吸去显色液，加入固定液Na2CO3，静置2-3min，取出凝胶观察。
